Ved fellesregistrering skal det kun leveres én felles omsetningsoppgave for alle selskapene, og det skal bl.a. ikke beregnes merverdiavgift ved omsetning innad i den fellesregistrerte enheten, uten at det påvirker fradragsretten for inngående merverdiavgift.
Ved fellesregistrering er det ofte slik at én eller flere av enhetene allerede er registrert i Merverdiavgiftsregisteret, mens andre ikke er det på tidspunktet man søker om fellesregistrering. Det medfører at de tidligere registrerte enhetene har hatt fradragsrett for merverdiavgift før fellesregistreringen, mens de ikke-registrerte enhetene ikke har hatt fradragsrett for merverdiavgift.
I et fellesskriv fra 2011 uttalte Skattedirektoratet at det som utgangspunkt ikke var adgang til å gi tilbakegående avgiftsoppgjør til en fellesregistrert enhet, dersom en eller flere av deltakerne var ordinært registrert forut for fellesregistreringen.
Skattedirektoratet har imidlertid i en ny uttalelse av 16. juni 2014 endret instruksen til skattekontorene vedrørende tilbakegående avgiftsoppgjør. Direktoratet legger nå til grunn at det kan innrømmes tilbakegående avgiftsoppgjør selv om én eller flere av de fellesregistrerte enhetene var ordinært registrert før fellesregistreringen.
Direktoratet presiserer at det er en forutsetning for rett til tilbakegående avgiftsoppgjør at vilkårene for å få slikt oppgjør etter merverdiavgiftsloven § 8-6 er oppfylt, herunder at anskaffelsen har direkte sammenheng med den avgiftspliktige omsetningen fra den fellesregistrerte enheten.
